Program Studi S1 Teknik Komputer, FT-UBT didirikan sesuai OTK Universitas Borneo Tarakan berada didalam Fakultas Teknik yang kemudian disebut juga sebagai Jurusan Teknik Komputer, dipimpin oleh seorang Ketua Jurusan yang bertanggung jawab kepada Dekan Fakultas Teknik, Universitas Borneo Tarakan. Ketua jurusan/program studi S1 Teknik Komputer dibantu oleh Sekretaris jurusan/program studi dalam hal pengelolaan administratif jurusan, diantaranya urusan akademik, pembinaan kemahasiswaan, administrasi dan perencanaan anggaran. Selain itu, dibutuhkan pula tenaga administrasi yang bertanggung jawab langsung kepada Ketua Jurusan Teknik Komputer dalam menjalankan tugas pokoknya. Serta laboran yang bertanggungjawab kepada Ketua Jurusan melalui Koordinator Laboratorium.

Adapun garis besar struktur organisasi jurusan/program studi S1 Teknik Komputer dapat dilihat pada bagan berikut ini.