Jurusan/Program Studi S1 Teknik Komputer UBT merupakan salah satu program studi unggulan di lingkungan Universitas Borneo Tarakan. Prodi ini berdiri pada tanggal 1 Desember 2020 dan mulai membuka perkuliahan pada Tahun Akademik 2021/2022. Pendirian prodi ini dimulai dari perjuangan panjang dan melelahkan yang dimulai dari inisiasi dari Rektor lama UBT pada tahun 2012 yaitu Prof. Dr. Ir. Bambang Widigdo agar UBT membuka banyak prodi bidang sains dan teknologi melalui pemberian skema Beasiswa PraS2-S2 Saintek Tahun 2012 dan 2013 kepada peserta S1 yang lolos tes beasiswa ini, tidak terkecuali prodi bidang komputer. Alhasil, terdapat dua peserta yaktni Arif Fadllullah, S.Pd. dan Awang Pradana, S.Kom. dari bidang komputer yang lolos seleksi untuk kemudian menjadi penerima Beasiswa PraS2-S2 Saintek Tahun 2013 dan berkuliah magister di ITS (Institut Teknologi Sepuluh Nopember).
Setelah berhasil menempuh studi magister bidang Teknik Informatika yang ditandai lulusnya Arif Fadllullah, S.Pd., M.Kom pada tahun 2016 dan Awang Pradana, S.Kom, M.Kom pada tahun 2019 dari Institut Teknologi Sepuluh Nopember. Kemudian bersama dengan Dosen Teknik Elektro dengan bidang keahlian Elektronika yang mengajar di prodi S1 Teknik Elektro, yaitu Mulyadi, S.T., M.T., Rika Wahyuni Arsianti, S.T., M.T., dan Dedy Harto, S.T., M.T. di bawah koordinasi Dekan Fakultas Teknik, yaitu Asta, S.T., M.Eng. dan Kepala LPPPM UBT, yaitu Dr. Iffi Fitriah, M.T., mulai mempersiapkan dan menyusun kurikulum dan borang pendirian prodi baru S1 Teknik Komputer sejak tahun 2018. Prodi ini dikembangkan guna memenuhi renstra Universitas yang mewajibkan dibukanya prodi bidang IT. Termasuk agar keahlian rekayasa sistem komputer bisa fokus dan berkembang dengan cepat guna menjawab tantangan revolusi industri 4.0 yang dalam segala aktivitas kehidupan manusia saat ini selalu bersinggungan dengan bidang IT.
Selama hampir 2 tahun mencoba mengajukan, dimana pengajuan pada tahun 2019 masih belum beruntung, karena terdapat beberapa kekurangan, termasuk SDM. Selanjutnya dicoba lagi pada tahun 2020 dengan mengikuti format borang pendirian prodi yang baru dan melengkapi kekurangan-kekurangan pada borang lama. Alhasil, alhamudillah tepat pada tanggal 30 Desember 2020, BAN-PT mengeluarkan informasi dalam bentuk SK bahwa program studi S1 Teknik Komputer telah memenuhi syarat minimum akreditasi dan dapat dibuka pada tahun akademik 2021/2022. Kemudian pada saat SK pendirian prodi keluar dalam rangka menambah SDM Dosen, maka Fakultas Teknik UBT menyetujui perpindahan homebase Rudy, S.T., M.T. selaku dosen teknik telekomunikasi di jurusan/program studi Teknik Elektro ke jurusan/program studi Teknik Komputer, Fakultas Teknik UBT. Jadi total saat ini (Tahun 2023) jumlah dosen di lingkungan jurusan/program studi Teknik Komputer UBT berjumlah 7 orang.
Sampai dengan saat ini jurusan/program Studi S1 Teknik Komputer, Fakultas Teknik UBT telah berhasil meraih akreditasi BAIK, melalui Surat Keputusan yang dikeluarkan oleh Badan Akreditasi Nasional Perguruan Tinggi (BAN-PT) dengan nomor: 964/SK/BAN-PT/PB-PS/S/II/2022 . Tentu ini menjadi hal yang sangat disambut baik dan ditunggu tunggu baik oleh Dosen di Lingkungan Jurusan Teknik Komputer maupun Mahasiswa Angkatan Pertama Teknik Komputer UBT. Semenjak dari terbitnya SK Penyelenggaraan Prodi S1 Teknik Komputer oleh BAN-PT tertanggal 30 Desember 2020 sampai dengan keluarnya SK Akreditasi, tanggal 12 Februari 2022, yaitu sekitar 1 tahun lebih 2 bulan, Prodi S1 Teknik Komputer masih berstatus akreditasi minimal karena masih dihitung sebagai Prodi Baru.